Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации

Зеленый покров заповедника неоднороден и отличается своеобразной пестротой и высоким уровнем видового богатства, что обусловлено с одной стороны физико-географической неоднородностью территории, расположенной на стыке 4 ландшафтов, а с другой — длительной историей формирования современной флоры послеледникового периода и старовозрастностью представленных лесных массивов.

В результате тайга, достаточно монотонная на своем протяжении по континенту, в этом краю имеет совсем иной облик.

Здесь господствует сосна, а не темнохвойные породы. На скалах и вершинах гряд произрастаю низкорослые сосновые массивы с белоснежными лишайниками и незначительными вкраплениями вереска и брусники. На равнинных участках и озах радуют глаз просторные боры со сплошным покровом мхов и лишайников и возвышающимися над ними зарослями низкорослых ягодных кустарничков — черники и брусники. Очень красив Сопохский бор, имеющий вид парка. Сосняки здесь редкой для Карелии густоты и производительности. Пологие склоны поросли сосново-еловым лесом с изумрудным ковром зеленого мха. А сырые понижения, впадины рельефа и глинистые равнины заняты дремучими ельниками. На поврежденных прежней хозяйственной деятельностью участках выросли вторичные лиственные и смешанные леса. Здесь преобладает береза, реже осина, ольха, и можно наблюдать все стадии восстановления исходной тайги.

Лесные участки перемежаются болотами, огромными или крошечными, открытыми или облесенными низкорослой сосной, обводненными или сухими с поверхности, иногда с остаточными озерками и наползающей на них сплавиной болотных растений. Изредка можно встретить зарастающие луговины и сырые пожни. Берега озер пестреют разнообразной околоводной растительностью. А воды Пертозера — это целый подводный «ботанический сад».

Флора сосудистых растений заповедника чрезвычайно богата для столь малого участка — около 790 видов. Ни один другой уголок Карелии не имеет такого огромного видового разнообразия. В процессе формирования флоры, наряду с типично таежными видами, здесь нашли себе подходящие условия произрастания как пришельцы из Арктики, так и свита широколиственной дубравы. Заповедник сохраняет на своей территории большое число редких видов растений, 7 из которых включены в Красную книгу РФ, и среди них поистине королевы — северные орхидеи — калипсо луковичная и венерин башмачок настоящий. Длительный заповедный режим на данной территории позволил исчислять десятками места их произрастания, что дает возможность демонстрировать эти шедевры природы любознательным туристам.