Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации

Заповедник находится в юго-восточной части Балтийского кристаллического щита, геологической основы Фенноскандии, возраст которого — около 2,5 млрд лет. Сотни миллионов лет шел процесс разрушения поверхностного слоя. Около 2 млн лет назад началась эпоха великих оледенений. Вся кора выветривания была перемещена, а поверхность щита снивелирована чудовищной силой расползающихся ледниковых покровов.

Современный облик земной поверхности заповедника определили процессы, происходившие во время последнего покровного оледенения, последующего таяния ледника и длительного нахождения здесь приледникового озера.

Последний из ледовых панцирей установился в Фенноскандии 18 тыс. лет назад. В той части Карелии, где расположен «Кивач», транзит льда происходил в юго-восточном направлении, что совпало с направлением простирания основных геологических структур кристаллического фундамента. Так и ориентированы многочисленные сглаженные скальные гряды — сельги и понижения рельефа между ними, занятые болотами и водоемами.

В ледник поступало большое количество обломков горных пород. В движущемся льду они приобретали округлую форму, дробились и перетирались, образуя разнородный материал — от больших валунов до тонких глин. Эти продукты ледниковой аккумуляции угадываются всюду: 60% территории заповедника перекрыто моренными отложениями, достигающими мощности 10 м.

Разрушение последнего ледникового покрова началось примерно 12 тыс. лет назад. Потекли реки талой воды. Осадочный материал отложился в руслах рек, образовав островершинные гряды — озы. Две такие гряды пересекают заповедник. Впоследствии воды приледникового озера частично размыли озы и моренные отложения, а тонкие взвеси, приносимые реками, отложились на дне озера ленточными глинами.

Территория заповедника «Кивач» — одно из немногих уникальных мест на Земле, где древние докембрийские породы выходят на поверхность и где в течение дневного перехода можно осмотреть результаты деятельности четвертичного покровного оледенения и талых ледниковых вод во всем многообразии.

Несмотря на ограниченную площадь здесь развиты все генетические формы рельефа, свойственные Карелии и 4 варианта ландшафтов: холмистой моренной равнины, озерно-глинистой равнины, флювиогляциальных отложений и сельгового комплекса.

В Карелии найдены самые древние на территории России строматолиты — известковые постройки сине-зеленых водорослей. Такие слоистые скорлуповатые толщи, возрастом более 2 млрд. лет, имеют мощность до нескольких сотен метров и простираются на километры. Один из пластов залегает под северной оконечностью территории «Кивача» и рядом с ней выходит на дневную поверхность.