Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации

По территории заповедника протекает река Суна — одна из крупнейших рек южной Карелии, а также ее короткий приток р. Сандалка. Имеется 14 озер, из них три самых крупных представлены небольшими участками акваторий в приграничных частях заповедника. Пространственное расположение и ориентировка речных долин и наиболее крупных озерных котловин совпадает с направлением складок и разломов кристаллического фундамента. Другие озера либо имеют термокарстовое происхождение, либо являются реликтами приледникового водоема. В пределах заповедника три водораздела, к которым приурочены ручьи и первичные водотоки.

Многочисленные болота, большинство которых мелкоконтурные, занимают 4,5% территории. Наиболее крупные из них сформировались на месте мелководных озер, также оставшихся после схода приледникового водоема.