К нуждающимся в охране (включенным в Красную книгу Республики Карелия) относят 71 вида базидиальных напочвенных грибов, представляющих в основном эстетическую ценность, а также афиллофороидных грибов, существование большей части которых напрямую связано со старовозрастными лесами. Около трети из них обитают и охраняются в заповеднике «Кивач» (25 вида).
Еще три вида заповедных грибов — давно не встречаемый болетопсис черно-белый, недавно обнаруженная саркосома шаровидная и найденный в окружающей заповедник охранной зоне трутовик разветвлённый — являются краснокнижными видами России.
На территории «Кивача» есть несколько десятков (60, по данным 2003 г.) макромицетов, которые не встречены в других местах Карелии, причём для пяти видов находки в заповеднике являются единственными местообитаниями на территории Северо-Запада России (это афиллофороидные грибы биссокортициум темно-зелёный, цератомицес цистиатус, фибуломицес серпентрионалис, ирпикодон повислый и карельский «краснокнижный» стереопсис желточно-жёлтый). А находка очень редко встречаемой коллибии рацемоза была первой находкой этого вида в России.
Фотографии и рисунки редких видов можно найти в разделе сайта "Медиа - Красная Книга - Редкие виды грибов".