Более 50 лет научные работники отслеживают разнообразные процессы, происходящие в природном комплексе заповедника "Кивач", и ведут "Летопись природы". В 1967 году была подготовлена 1-я книга Летописи природы заповедника «Кивач» за 1966 год. С этого времени каждый год выходит очередной том Летописи.
Основная тема научно-исследовательских работ (НИР): "Наблюдение явлений и процессов в природном комплексе заповедника и их изучение по программе "Летопись природы". Исполнителями по теме являются заместитель директора по научной работе и экологическому просвещению, заместитель директора по надзору в области охраны окружающей среды, научные сотрудники заповедника. Исследования проводятся по стандартной методике. Обработка материала и написание разделов Летописи природы выполняются специалистами соответствующего профиля из числа научных сотрудников заповедника. Летопись составляется по методике К.П. Филонова, Ю.Д. Нухимовская «Летопись природы в заповедниках СССР», 1985 г. Подготовленные тома "Летописи природы" представляются в Минприроды России.
Наряду с сотрудниками научного отдела в проведении учетных работ (зимний маршрутный учет численности животных, летний учет численности тетеревиных птиц) принимают участие инспекторы отдела охраны заповедника, представители администрации, волонтёры.
В научном отделе хранится обширная, пополняемая десятки лет коллекция, насчитывающая сейчас более 70 тысяч экземпляров различных насекомых.
Гербарий, состоящий из 6 тысяч листов, включен в Перечень гербариев мира (электронная база данных).
Опубликованы многочисленные научные статьи различной тематики, монографии. Подробнее.