В рамках договоров о научном сотрудничестве в заповеднике "Кивач" проводятся следующие исследования:
- Работы по сохранению и восстановлению жемчужницы европейской в границах заповедника. (ФГБУ науки Институт биологии КарНЦ РАН)
- Анализ разнообразия лесных почв среднетаежной подзоны Карелии; изучение видового разнообразия и др. (ФГБУ науки Институт леса КарНЦ РАН)
- «Процессы фрагментации и разложения древесной коры: биотические и абиотические факторы». (ФГБУ науки Институт леса КарНЦ РАН)
- «Ихтиологические, гидробиологические и паразитологические исследования водоемов заповедника Кивач: оценка, состояние и пути сохранения редких и исчезающих видов гидробионтов». (КарНЦ РАН)